04.12.2008 tarihinde Enstitü Müdürünün görevlendirilmesi ile faaliyetlerine başlamıştır.

Enstitümüzde 12 Lisansüstü Programımız mevcut olup bunlardan 2'si ortak programlar şeklinde diğer üniversiteler ile yürütülmektedir. 10 program ise üniversitemizce yürütülmektedir.

İlk defa Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 27.05.2010 tarih 17782 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2010-2011 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Fizik Anabilim Dalı'nda Bingöl Üniversitesi FBE ile Batman Üniversitesi FBE Ortak Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 17.05.2011 tarih 21063 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2011-2012 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Fizik Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Fırat Üniversitesi FBE ile Batman Üniversitesi FBE Ortak Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 06.12.2011 tarih 52101 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2010-2011 Eğitim Öğretim Bahar Yarıyılı'nda Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Fizik Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 04.07.2012 tarih 28968 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2011-2012 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Fizik Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Kimya Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 15.08.2012 tarih 36207 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2011-2012 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Kimya Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 07.02.2013 tarih 952 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2013-2014 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Doktora Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 10.06.2013 tarih 3856 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2013-2014 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Doktora Programı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

 Fizik Anabilim Dalı'nda Doktora Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 22.08.2013 tarih 45369 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2013-2014 Bahar Yarı Yılı'nda Fizik  Anabilim Dalı'nda Doktora Programı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Otomotiv Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 17.03.2014 tarih 1098 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2014-2015 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Biyoloji Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 04.07.2014 tarih 4346 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2014-2015 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Biyoloji Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Matematik Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 04.07.2014 tarih 4346 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2014-2015 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Matematik Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Matematik Anabilim Dalı'nda II. Öğretim Tezsiz Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 19.11.2014 tarih 68170 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2014-2015 Eğitim Öğretim Bahar Yarıyılı'nda Matematik Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.

Arkeometri Anabilim Dalı'nda Tezli Yüksek Lisans Programımız YÖK Yönetim Kurulu Başkanlığı'nın 17.06.2015 tarih 33615 sayılı yazısı ile onaylanmış olup 2015-2016 Eğitim Öğretim Güz Yarıyılı'nda Arkeometri Anabilim Dalı'nda Lisansüstü eğitime başlamıştır.